Plusieurs années se sont écoulées depuis la mort de Qui-Gon Jin. Anakin est devenu un disciple habile et plutôt doué qui surclasse tous les autres padawans. Mais, malgré sa puissance, Anakin doute et cherche encore sa voie. Est-il réellement fait pour être un Jedi ? Le chancelier Palpatine lui montre les dessous du Sénat et la corruption de ses membres tandis qu’Anakin se rend compte de l’impossibilité de l’Ordre Jedi à régler tous les conflits. Face aux hésitations de son Padawan, Obi-Wan Kenobi remet en cause son enseignement et pense lui aussi à partir au vu de son possible échec. Alors que l’un et l’autre semblent perdus, ils sont envoyés en mission sur une planète oubliée d’où un signal parait avoir été envoyé par un Jedi. Hélas, leur vaisseau s’écrase dans ce monde qui semble désert et hostile. Pourtant, les deux Jedi se rendent très vite compte qu’ils ne sont pas seuls.