1502. Les Borgia règnent sur l'Italie. Le pape Alexandre VI, de son vrai nom Rodrigo Borgia, apprend que l'on vient de retrouver un indice qui permettrait peut-être d'expliquer, cinq ans après les faits, le meurtre mystérieux de son fils aîné, Juan. Une amulette dont celui-ci ne se séparait jamais est en effet réapparue près du corps d'une inconnue assassinée à Imola, siège de la cour de son autre fils, le Prince César Borgia. Par le chantage, il force alors Damatia, ex-compagne de Juan, de mener l'enquête. A la cour de César Borgia, Damiata apprend que la dépouille a été confiée à l'ingénieur général: Léonard de Vinci, passionné d'anatomie. Et alors qu'elle vient de faire la connaissance d'un diplomate florentin, Nicolas Machiavel, en mission secrète auprès du Prince, une nouvelle victime est découverte. Aidée de Vinci et de Machiavel, Damiata se met sur la piste du tueur...